Dalam tahun 2019, pentingnya untuk memperkuat pertahanan Indonesia mendorong Prabowo untuk menerima undangan untuk bergabung di Kabinet Indonesia Maju sebagai Menteri Pertahanan. Di bawah kepemimpinan Prabowo, pembangunan pertahanan Indonesia mengalami percepatan yang signifikan. Sekarang Indonesia memiliki komponen cadangan yang terlatih. Industri Pertahanan menjadi lebih terkonsolidasi. Ekspor produk pertahanan meningkat. Diplomasi pertahanan juga menguat. Peralatan tempur yang paling canggih untuk menjaga kedaulatan NKRI kini dapat diperoleh.
Salah satu fokus Prabowo sebagai Menteri Pertahanan adalah meningkatkan kualitas sumber daya pertahanan Indonesia. Hal ini dilakukan dengan meningkatkan kualitas pendidikan di Universitas Pertahanan (UNHAN), mendirikan Fakultas Kedokteran Militer, mendirikan Kampus Ben Mboi UNHAN di perbatasan Indonesia dengan Timor Leste, dan membuka pintu kantor Kementerian Pertahanan bagi kadet UNHAN. Prabowo juga membuka akses beasiswa bagi putra-putri terbaik bangsa yang berminat untuk kuliah di UNHAN.
Selain memperkuat UNHAN, Prabowo juga memberikan perhatian khusus kepada SMA Taruna Nusantara (SMA TN) di Magelang. Tidak banyak yang mengetahui bahwa ketika aktif di TNI, Prabowo adalah salah satu pendiri SMA TN. Dengan peningkatan fasilitas dan kurikulum, Prabowo berharap SMA TN dapat kembali menjadi salah satu SMA unggulan terbaik di Indonesia.
Sebagai negara yang memiliki wilayah yang sangat luas, Indonesia harus memiliki sistem pertahanan yang komprehensif. Oleh karena itu, komponen utama pertahanan, yaitu TNI aktif, harus didukung oleh komponen cadangan. Sebagai amanat dari UU 23/2019 tentang Pengelolaan Sumber Daya Nasional (PSDN) untuk Pertahanan Negara, Prabowo merekrut dan membentuk komponen cadangan.
Standar pelatihan anggota komponen cadangan sama dengan standar pelatihan anggota TNI aktif. Ketika diperlukan, anggota komponen cadangan dapat dipanggil negara untuk mendukung TNI aktif.
Sejak Indonesia merdeka pada tahun 1945, baru di bawah kepemimpinan Presiden Joko Widodo dan Menteri Pertahanan Prabowo Subianto, komponen cadangan yang siap dipanggil oleh negara untuk mendukung TNI aktif saat dibutuhkan dapat terwujud.
Ketika pandemi Covid-19 menyerang Indonesia, Prabowo cepat bertindak dengan meningkatkan kapasitas ruang rawat inap dan ruang ICU di Pusat Rehabilitasi (Pusrehab) Kemhan RS Dr. Suyoto, mengimpor obat-obatan, dan membuat alat-alat pendukung seperti ventilator dan Alat Pelindung Diri (APD).
Menteri Pertahanan Prabowo Subianto menerima penghargaan Darjah Utama Bakti Cemerlang (Tentera) yang diberikan langsung oleh Presiden Singapura Tharman Sanmugaratnam di Istana Kepresidenan Singapura.
Penghargaan Darjah Utama Bakti Cemerlang (Tentera) merupakan penghargaan militer tertinggi dari Pemerintah Singapura yang diberikan kepada Menhan Prabowo karena jasanya yang luar biasa sejak menjabat sebagai Menteri Pertahanan sejak Oktober 2019 dan perannya yang sangat penting bagi negara dalam menjaga, merawat, dan mempererat hubungan baik dalam bidang pertahanan dengan Singapura.
Kekuatan diplomasi pertahanan Indonesia di bawah komando Prabowo tercermin dalam penyelesaian kesepakatan kerjasama pertahanan (Defence Cooperation Agreement) yang saling menguntungkan dengan negara-negara kunci seperti Prancis, Jepang, Australia, dan Singapura. Sebagai contoh, DCA Indonesia-Perancis membuka jalan bagi Indonesia untuk memperkuat TNI AU dengan memiliki pesawat tempur canggih Rafale.
Peningkatan statuta Indonesia juga dapat terlihat dari penyambutan yang diberikan oleh negara-negara sahabat saat menerima kunjungan dari Prabowo.
Selain mencoba membangun diplomasi pertahanan Indonesia, semakin banyak delegasi tinggi dari negara-negara sahabat yang datang khusus menemui Prabowo di kantor Kementerian Pertahanan RI di Jakarta.
Pertemuan tingkat Menteri Pertahanan ASEAN dan negara mitra (ADMM-Plus) ke-10 di Jakarta Convention Center, Jakarta. ADMM Plus memfasilitasi dialog dan kerja sama di antara negara-negara anggota ASEAN dan delapan negara mitra yang membahas isu-isu terkini di bidang pertahanan dan keamanan.
Presiden Joko Widodo didampingi oleh Menteri Pertahanan Prabowo Subianto dan Menteri Luar Negeri Retno Marsudi melepas pengiriman bantuan kemanusiaan dari Pemerintah RI kepada Palestina di Base Ops Lanud Halim Perdanakusuma, Jakarta.
Dalam sambutannya, Presiden menyatakan bahwa bantuan ini merupakan tahap pertama yang dikirim dengan 3 pesawat yang mengangkut bahan makanan, alat medis, selimut, tenda, dan barang logistik lain yang sesuai dengan kebutuhan di Gaza.
Keahlian Prabowo dalam berbicara dalam bahasa Inggris, Perancis, dan Jerman juga membuatnya banyak diundang sebagai pembicara utama di forum internasional sebagai Menteri Pertahanan RI. Salah satunya, pada bulan November 2021 dan Juni 2022, Prabowo diundang sebagai pembicara kunci di International Institute for Strategic Studies (IISS) Manama Dialogue dan Shangri-La Dialogue bersama dengan Menteri Pertahanan Amerika Serikat. Forum ini dihadiri oleh puluhan Menteri Pertahanan dari seluruh dunia.
Setelah mendengar kabar hilang kontak pada tanggal 21 April 2021, Prabowo segera terbang ke garis depan untuk berkoordinasi dengan Panglima TNI dan KASAL dalam upaya menemukan KRI Nanggala 402. Prabowo juga berkoordinasi dengan Menteri Pertahanan dari negara-negara sahabat yang menawarkan bantuan, serta bertemu dengan keluarga prajurit. Prabowo kemudian mengatur beasiswa khusus untuk UNHAN dan SMA TN bagi keluarga prajurit, dan memberikan rumah baru untuk keluarga prajurit.
Menteri Pertahanan Prabowo Subianto mengunjungi rumah para perwira TNI AU yang gugur dalam musibah jatuhnya dua pesawat EMB-314 Super Tucano milik TNI AU di kompleks perumahan Pangkalan TNI AU Abdul Rachman Saleh, Malang. Menhan Prabowo menyatakan rasa dukanya dan memberikan santunan kepada keluarga korban. Selain itu, Menhan juga berjanji untuk membantu keluarga korban semaksimal mungkin.
Sebagai penentu strategi pertahanan Indonesia, Prabowo bekerja sama erat dengan Panglima TNI dan seluruh jajarannya untuk merencanakan pertahanan Ibu Kota Negara Nusantara yang akan dibangun di Kalimantan Timur.
Prabowo tidak ingin Indonesia harus bergantung pada negara lain untuk memenuhi kebutuhan pertahanan. Oleh karena itu, Prabowo meningkatkan kapabilitas BUMN dan industri pertahanan dalam negeri, serta mendorong pembentukan holding BUMN pertahanan. Prabowo juga melanjutkan kerjasama pembuatan pesawat tempur KFX IFX, sehingga PT Dirgantara Indonesia dapat memproduksi pesawat tempur buatan Indonesia untuk TNI AU dan untuk ekspor di Bandung.
Untuk mewujudkan kekuatan pertahanan Indonesia, Prabowo aktif berkoordinasi dengan parlemen, kementerian terkait, dan lembaga negara lainnya. Dengan dukungan dari Presiden RI, parlemen, Kementerian Keuangan, Kementerian Luar Negeri, dan Bappenas, Prabowo membuat terobosan dalam perencanaan pembangunan kekuatan pertahanan Indonesia untuk 25 tahun ke depan.
Wilayah Indonesia terdiri dari 1/3 daratan, 2/3 lautan, dan 3/3 udara. Sebagai Menteri yang bertanggung jawab terhadap pertahanan dan kedaulatan Indonesia, Prabowo turun langsung untuk memastikan sarana dan prasarana yang dibutuhkan oleh TNI AD, TNI AL, dan TNI AU terpenuhi dan dalam kondisi prima.
Atas dedikasi dan loyalitas yang tinggi terhadap bangsa dan negara, Prabowo diberi gelar Warga Kehormatan oleh Korps Brimob Polri. Selain menjalin hubungan yang baik dengan Polri, Prabowo juga menjalin hubungan yang baik dengan Badan Intelijen Negara (BIN).
Menteri Pertahanan Republik Indonesia Prabowo Subianto mendorong industri pertahanan Indonesia secara keseluruhan agar selalu menjalankan manajemen yang terbaik. Presiden Joko Widodo memberikan instruksi kepadanya sebagai Menteri Pertahanan untuk mengembangkan industri pertahanan Indonesia. Industri pertahanan dalam negeri adalah kebanggaan rakyat Indonesia. Oleh karena itu, pemerintah terus mendorong peningkatan kapasitas dan kapabilitas industri dari segi pemasaran maupun teknologi.
Menteri Pertahanan Prabowo Subianto juga telah meresmikan sejumlah titik bantuan air bersih yang tersebar di beberapa daerah seperti Lombok, Sumbawa, Pulau Moa, Jawa Tengah, Jawa Barat, dan Pamekasan Madura. Dalam hal ini, Kementerian Pertahanan bekerjasama dengan Universitas Pertahanan.
Menteri Pertahanan Prabowo Subianto juga telah meresmikan beberapa rumah sakit di berbagai daerah di Indonesia. Peningkatan pelayanan fasilitas rumah sakit Kemhan/TNI yang dicanangkan oleh Menteri Pertahanan Prabowo juga merupakan upaya peningkatan pelayanan di bidang kesehatan untuk prajurit dan masyarakat umum.