Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang penuh dengan keterbatasan tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta akan Indonesia, yang ditanamkan oleh orangtuanya dan kakeknya, mendorongnya untuk memilih Akademi Militer Nasional daripada menghadiri universitas top di Amerika, meskipun prestasi sekolahnya tinggi.
Di Jakarta, Prabowo tinggal antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek Presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah langkah yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang mengakibatkan pengawasan terhadap rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh lembaga intelijen.
Pendidikannya berlanjut di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepakbola, tim debat, dan tim catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Pada masa ini, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
